Антитеррористическая комиссия в Краснодарском крае образована в соответствии с постановлением главы администрации Краснодарского края от 17.01.2003 № 44 «О мерах повышения эффективности выполнения Федерального закона «О борьбе с терроризмом». У истоков формирования методологии и организации деятельности комиссии стояли руководители аппаратов Грузин Г.Г., Полев В.В. Деятельность Антитеррористической комиссии в Краснодарском крае осуществляется под эгидой Национального антитеррористического комитета и в тесном взаимодействии с УФСБ России по Краснодарскому краю и прокуратурой Краснодарского края.